More akvatorija Dugog otoka ima ista ili slična fizičko-kemijska svojstva kao i srednjojadranski dijelovi mora. Prosječna temperatura kreće se od 12°C zimi do 24°C ljeti. Salinitet je 38.2‰, a termoklina je na dubini od 14 do 30 metara. Površinske struje ljeti su slabije a zimi jače, u rasponu od 0,3 do 0,8 čvorova.

Dominirajući smjer morskih struja je iz pravca JI. Morske struje, uz vjetar i valove imaju veliki utjecaj na distribuciju antropogenog zagađenja mora. Položenošću u pravcu I-Z, Dugi otok se nalazi unutar izobate od 100.0 m te po vrstama bentonskih biocenoza spada u biocenoze obalnih terigenih muljeva. Krajnjim zapadnim dijelom s otocima ulazi u biocenoze detritičnih dna otvorenog mora. S obzirom na oligotrofne vode, more ovog prostora predstavlja iznimno povoljnu ekološku nišu za razvoj brojnih biljnih i životinjskih vrsta, čija su obitavališta najbogatija na hridinastim dnima.

Na kvalitetu mora Parka utječe sve veći trend razvoja i širenja ponude u nautičkom turizmu. U posljednjih 15 godina bilježi se značajan porast pristajanja i sidrenja brodova, jedrilica i motornih čamaca. Osim toga, u uvalama Parka smješteni su i ispusti za otpadne vode iz nekoliko ugostiteljskih i drugih objekata.

Institut Ruđer Bošković izradio je 2008. godine „Temeljnu ekološku studiju PP Telašćica“. Osnovni cilj studije bio je odrediti „nulto stanje“ koncentracija odabranih makro i mikroelemenata te raspodjela prirodnih i umjetnog 137Cs radionuklida na dvadeset postaja u površinskim sedimentima podmorja na području Telašćice. Na temelju spomenutih i drugih parametara izradio se model prihvatnog kapaciteta ekosustava Telašćice. Rezultati studije će se koristiti za unaprjeđenje sustava posjećivanja i optimalnog upravljanja Prkom. Redovno se vrše i analize otpadnih voda iz restorana u uvali Mir, a analize obavlja Zavod za javno zdravstvo, Zadar.