Biljni svijet u moru čine alge i morske cvjetnice. One predstavljaju vrlo značajnu kariku u morskom ekosustavu. Proizvode kisik i služe kao sklonište i hrana mnogim životinjama. Ovisno o uvjetima u moru (dubina, temperatura, salinitet, količina svjetlosti) razvijaju se različite vrste algi i morskih cvjetnica.

Dosadašnjim istraživanjima biološke raznolikosti podmorja Parka utvrđeno je 318 svojti alga od ukupno 638 svojti zabilježenih za istočni Jadran te 3 vrste morskih cvjetnica. Najzastupljenije su crvene alge s 340 svojti, zatim smeđe sa 170 svojte i zelene alge sa 118 svojti. Sastav biljnih zajednica ovisi o vrsti podloge na kojoj se razvijaju. Tako na kamenitim dnima u malih dubinama nalazimo čitav niz alga, dok na pjeskovitim i muljevitim dnima prevladavaju morske cvjetnice. Među algama se ističu različite vrste cistozirate vapnenačke crvene alge, što je značajka vanjskih pučinskih otoka.

Najzanimljivija alga ovog područja je vapnenačka crvenaalga (Goniolithon byssoides) rasprostranjena u istočnom Sredozemlju koja je u Jadranu na SZ granici areala i vrlo rijetka. Najbogatije nalazište ove alge u Parku je pod otvorenim jugoistočnim stijenama Dugog otoka i susjednih olujnih otočića.

Na lokalitetima Grpašćak, Mir i Mala Prisika istraživanjem su utvrđena gusta naselja invazivne tropske crvene alge (Womersleyella setacea). Od ostalih vrsta algi u Parku se uz obalu najčešće mogu vidjeti: padina (Padina pavonica), diktiota (Dictyota dichotoma), laurencia (Laurentia obtusa), cistozira (Cystoseira sp.), klobučić (Acetabularia acetabulum) i morske cvjetnice čvorasta morska resa (Cymodocea nodosa) i patuljasta svilina (Zostera noltii).

U samoj uvali značajnije su morske livade triju strogo zaštićenih vrsta morskih cvjetnica:posidonia (Posidonia oceanica) i čvorasta morska resa (Cymodocea nodosa)te nešto manjepatuljasta svilina (Zostera nolti). Dosadašnjim istraživanjima podmorja utvrđena su područja koja prekrivaju livade posidonije, a prostiru se unutar fotofilne zone dubine od oko 5 m pa do dubine od oko 20-25 m. Posidonia oceanica, u narodu poznata kao “morska trava”, endemska je vrsta Sredozemnog mora. Zbog različitih utjecaja kao što su klimatske promjene, invazivne vrste te mnoge ljudske djelatnosti poput sidrenja, livade posidonije su vrlo ugrožene. Kako bi se utvrdilo stanje livada posidonije i drugih cvjetnica te provjerila prisutnost invazivnih alga roda Caulerpa koja ugrožava naselja posidonije, Ustanova je započela s organiziranjem programa „Monitoring livada posidonije“ koji će se provoditi jednom godišnje.